In Strafvollzugsanstalten und anderen Einrichtungen des Justizvollzugs werden vor allem Freiheits- und Jugendstrafen vollzogen, aber auch Sicherungsverwahrung und Untersuchungshaft. Für freiheitsentziehende Sanktionen gilt das Gebot der Resozialisierung: Gefangene und Untergebrachte sollen fähig werden, künftig in sozialer Verantwortung ein Leben ohne Straftaten zu führen. Daneben dient er auch dem Schutz der Gesellschaft.

Empirische Forschung zum Justizvollzug wird auch durch die Kriminologischen Dienste der Länder  durchgeführt.

Freiheitsentziehende Maßregeln nach §§ 63, 64 StGB werden im Maßregelvollzug durchgeführt. Hierzu gehören die Unterbringung in einem psychiatrischen Krankenhaus (§ 63 StGB) oder in einer Entziehungsanstalt (§ 64 StGB). Für die Verhängung der freiheitsentziehenden Maßregeln ist die Schuldunfähigkeit wegen seelischer Störungen nach § 20 StGB maßgebend.