Die KrimZ hat die Rechtsform eines eingetragenen Vereins; ordentliche Mitglieder sind die Bundesrepublik Deutschland und die Bundesländer. In der Praxis werden die Mitglieder vertreten durch die jeweiligen Justizminister bzw. -senatoren und diese durch die auch mit kriminologischen Fragen befassten Abteilungen für Strafrecht und/oder Strafvollzug.

Wichtigstes Organ der KrimZ ist die Mitgliederversammlung. Zu ihren Hauptaufgaben zählen die Wahl des Vorstandes, die Ernennung der Beiräte, die Zustimmung zu Verträgen mit hauptamtlichen wissenschaftlichen Mitarbeitern, die Bewilligung des Haushaltsplans sowie die Zustimmung zur Durchführung von Forschungsvorhaben. Dagegen liegt die inhaltliche Ausgestaltung der satzungsgemäßen Aufgaben in den Händen des Vorstands.

Vor allem im Hinblick auf die Forschungsaufgaben werden der Vorstand und die Mitgliederversammlung der KrimZ durch einen Beirat beraten und unterstützt. Der Beirat setzt sich zusammen aus Vertreterinnen und Vertretern der Strafrechtspflege, von Institutionen der Polizei und der Deutschen Forschungsgemeinschaft sowie Hochschullehrern unterschiedlicher Fachrichtungen, die für die kriminologische Forschung von Bedeutung sind.

Neben dem Beirat gibt es noch eine Reihe von korrespondierenden Mitgliedern. Dabei handelt es sich einmal um ausländische Forschungseinrichtungen, mit denen ein Informationsaustausch im Hinblick auf kriminologische Dokumentation und Forschung besteht; ferner zählen dazu acht ehemalige Beiräte der KrimZ.

Die Geschäftsführung und die Vertretung des Vereins obliegen dem hauptamtlichen Vorstand, der aus dem Direktor und dem Stellvertretenden Direktor gebildet wird.

Zum planmäßigen Personal zählen kriminologisch ausgewiesene Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler aus den Rechts- und Sozialwissenschaften, die in ihrer Arbeit durch eine Reihe studentischer und wissenschaftlicher Hilfskräfte unterstützt werden. Durch Drittmittelförderung und Werkverträge kann zusätzliches wissenschaftliches Personal eingestellt werden. Zum weiteren Personal gehören Verwaltung, die Bibliothek und das Sekretariat der KrimZ.